Forma prawna przedsiębiorcy wywiera istotny wpływ przede wszystkim na opodatkowanie jego dochodu. Osoba fizyczna jako przedsiębiorca oraz spółka osobowa jako przedsiębiorca nie jest podatnikiem podatku dochodowego od osób fizycznych. Osoba fizyczna jest podatnikiem podatku od dochodu osobistego, na który składają się dochody ze wszystkich należących do niej źródeł przychodów, w tym również z działalności gospodarczej. Ustalenie wysokości dochodu z jej działalności gospodarczej następuje na podstawie ksiąg rachunkowych lub podatkowej księgi przychodów i rozchodów. Dochód ten jest łączony z innymi dochodami osoby fizycznej i jako składnik jej dochodu osobistego podlega opodatkowaniu. W przypadku spółek osobowych osób fizycznych najpierw ustalany jest dochód spółki na podstawie prowadzonych przez nią ksiąg. Dochód ten dzielony jest pomiędzy wspólników proporcjonalnie do ich udziałów. Dochód z udziału w spółce każdego wspólnika jest następnie łączony z jego dochodami z innych źródeł i jako składnik dochodu osobistego podlega opodatkowaniu. Należy zauważyć, że w rozumieniu ustawy Prawo o działalności gospodarczej spółka jawna i komandytowa osób fizycznych ma status przedsiębiorcy, natomiast w przypadku spółki cywilnej status taki mają wspólnicy. Natomiast w podatku dochodowym od osób fizycznych wszystkie te spółki traktowane są identycznie, czyli podatnikami (przedsiębiorcami) są wspólnicy.
Odmiennie przedstawia się opodatkowanie dochodu przedsiębiorców wyposażonych w osobowość prawną. Mają oni podmiotowość podatkową w podatku dochodowym, a opodatkowaniu podlega uzyskany przez nich dochód, ustalony na podstawie prowadzonych ksiąg rachunkowych. Aby określić specyfikę opodatkowania dochodu osób prawnych, niezbędne jest odrębne potraktowanie spółek kapitałowych oraz innych osób prawnych. Opodatkowanie spółek kapitałowych należy rozpatrywać w dwóch aspektach: opodatkowania dochodu osiągniętego przez spółkę jako podmiot podatku dochodowego od osób prawnych, oraz opodatkowania dochodu podzielonego przez spółkę pomiędzy wspólników, którzy jako podatnicy podatku dochodowego od osób fizycznych lub od osób prawnych zobowiązani są po raz drugi zapłacić od tego dochodu podatek. Efekt ten określany jest w nauce o podatkach jako tzw. wewnętrzne podwójne opodatkowanie. Może on również wystąpić w przypadku spółdzielni, które dzielą nadwyżkę bilansową pomiędzy członków.
Opodatkowanie majątku przedsiębiorców następuje w ramach podatków obciążających niektóre składniki majątkowe (podatek od nieruchomości, od środków transportowych) oraz podatku obciążającego obrót majątkiem (opłata skarbowa od czynności cywilnoprawnych). Wymienione podatki płaci przedsiębiorca, niezależnie od jego formy prawnej.
Osoba prawna (spółka z ograniczoną odpowiedzialnością, spółka akcyjna) z tytułu prowadzenia działalności gospodarczej może mieć zobowiązania wynikające z następujących podatków:
– podatki i opłaty lokalne (podatki od nieruchomości, od środków transportu, podatki rolne, leśne, podatki od posiadania psów, opłata skarbowa, opłata targowa),
– podatek dochodowy od osób prawnych,
– podatek od towarów i usług (VAT),
– podatek akcyzowy,
– podatek importowy.